home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Celestin Apprentice 5 / Apprentice-Release5.iso / Source Code / Libraries / DCLAP 6d / dclap6d / SeqPups / apps / autoseq.help next >
Encoding:
Text File  |  1996-07-05  |  7.3 KB  |  133 lines  |  [TEXT/R*ch]
  1. dgg needs: 
  2. -i -tfs -o ba16d1.s1 ba16d1.s1
  3. optional:
  4. -bp -s -v -pt -ts -ps
  5.  
  6. autoseq (version 94.05.03) help
  7. -------------------------------
  8.   autoseq extracts a variety of information from SCF and ABI files and
  9.   writes these components to files.  It acts as an interface to CTrace,
  10.   CTraceFile, & CPeakList to perform a operations on the data, and the
  11.   results of these operations are also directed to files.
  12.  
  13. command line structure:
  14. % autoseq {flag_list} {filename}
  15. flag_list ::= {'-'} {flag} {flag_list}
  16. flag ::= 1 of the following:
  17. b    [A,C,G,T]0+
  18.      Specifies to which bases individual actions should be performed.
  19.      More than one base may be specified. The default is -bACGT (all bases).
  20. bl   [short bl=<trace minimum>]
  21.      Set the baseline of the selected traces to bl. If bl is omitted then each
  22.      trace is translated downward by the the minimum value for that trace.
  23. bpd  [+integer maxnbhd=2]
  24.      For every subsequence of length nbhd (1<=nbhd<=maxnbhd) in the predicted
  25.      sequence, write the index of the 3' most peak center for that subsequence,
  26.      the delta for the subsequence, and the subsequence itself.  The delta
  27.      between bases m and n is defined to be the distance between the centers of
  28.      the peaks corresponding to bases m and n.
  29. bp   Output the base-to-trace-position mapping stored in file [prefix.bp]
  30. d1   Compute 1st derivative trace [prefix.#.d1]
  31. d2   Compute 2nd derivative trace [prefix.#.d2]
  32. fmt  [{ABI0,ABI1,ABI,SCF} fmt=<best guess>]
  33.      Read in specified format; guess if not specified.
  34.          ABI0  - ABI (raw data)
  35.          ABI1  - ABI (2nd trace set)
  36.          ABI   - ABI (processed data)
  37.          SCF   - Standard Chromatogram Format
  38. fs   Write the sequence predicted stored in the file. [prefix.fseq]
  39. ft   Writes the trace of expected fluorescence from the list of selected peaks.
  40.      Expected fluorescence is calculated by fitting a Gaussian at the peak
  41.      center using the peak height & width; see fw. [prefix.#.ft]
  42. fw   [+short fw=50]
  43.      Specifies the breadth of the Gaussian used to model the fluorescence of
  44.      each peak (ie. Gaussian limits are [peakcenter - fw , peakcenter + fw]).
  45. h    Include descriptive headers in output files
  46. help This help display
  47. i    Write the individual traces after translation (bl), scaling (s), 
  48.      smoothing (sm), and transformation (x). [prefix.#]
  49. l    [+int index]|'p'
  50.      Specifies the left cutoff index. Peak positions are reported relative
  51.      to the left cutoff.  If 'p' is passed as the argument, the left cutoff
  52.      is set to the primer position.
  53. o    [string prefix=<input filename>]
  54.      Specifies file prefixes for output filenames.  If the prefix is a file,
  55.      suffixes will be added as appropriate.  If the prefix is a directory (that
  56.      is, ends in a '/'), files will be redirected to that directory and
  57.      the input filename will be used as the filename prefix.  The hash symbol
  58.      ('#') may be used a placeholder for the base identifier; if it is omitted,
  59.      .# will be appended to the prefix specified with this flag.
  60. pmc  [+double PMC=1]
  61.      Specifies the minimum peak height as a product of the mean and the
  62.      Peak Mean Coefficient (PMC).  For instance, if the mean trace value
  63.      is 20, then -a 1.5 will only pick peaks above 24 =(1.2 * 20).
  64. p    [+int separation=4]
  65.      Prunes peaks by doing a pairwise comparison of adjacent peaks and
  66.      discarding the less-probably peak of each pair which is separated by less
  67.      than separation.  If os is specified, a list of pairwise comparisons which
  68.      resulted in the removal of a peak is output. [prefix.pruned]
  69. ps   Write the predicted sequence (the sequence chosen by CPeakList)
  70. pt   Generates traces which represent peaks and their widths & heights.
  71.      Peak traces are especially informative when overlaid with the
  72.      individual (i) trace.  [prefix.#.pt]
  73. q    Quiet mode.  Only errors will be displayed.
  74. r    [int index]
  75.      Specifies the right cutoff index.  If index is <0, the right cutoff
  76.      will be set to +index from the end of the trace.  See l.
  77. rt   Output the residual trace computed by subtracting the expected fluorescence
  78.      trace from the observed data [prefix.#.rt]
  79. s    [string filename]
  80.      Scale traces using scales from filename (in ACGT order), or default scales
  81.      if not specified.
  82. sm   [short iterations=2]
  83.      Smooths by using a weighted average of the 3 points about a particular
  84.      index, with the special case of the endpoints handled by throwing out the
  85.      third point and normalizing the weighting coefficients.  The process is
  86.      repeated iterations times.
  87. tfs  Output a summary of tracefile statistics and peaks [prefix.tfs]
  88. ts   Output a summary of individual trace statistics and peaks [prefix.#.ts]
  89. version Print version info
  90. v    (extremely) Verbose mode
  91. x    [string filename]
  92.      Applies a 4x4 transformation/orthogonalization matrix to the 4 traces,
  93.      producing a new set of traces which replaces the existing set.
  94.      Transformation matrics are expected to be 4x4 matrix of the form:
  95.      (file consists of mTS values only)
  96.          M =         [,A]    [,C]    [,G]    [,T]
  97.              [A,]    mAA     mAC     mAG     mAT
  98.              [C,]    mCA     mCC     mCG     mCT
  99.              [G,]    mGA     mGC     mGG     mGT
  100.              [T,]    mTA     mTC     mTG     mTT
  101.      The general equation for the resulting traces is:
  102.      R = M O  <==>  R(T,i) =      sum     [ mTS x O(S,i) ]
  103.                               S in {ACGT}
  104.      where R is the resulting vector of 4 traces
  105.            O is the original vector of 4 traces
  106.            M is the 4x4 ({ACGT}x{ACGT}) matrix whose elements m(i,j) are
  107.              the cross-term contributions of channel j to channel i
  108.            S & T are trace identifiers (Source & Target) in {A,C,G,T}
  109.            i loops over the indices of the trace
  110. z    [+double threshold=0]
  111.      Specifies the epsilon about zero in which derivatives are considered to
  112.      be exactly zero, and thus the crest (trough) of a local maxima (minima).
  113.  
  114.      Argument specifications are given in square brackets ('[' & ']') with their
  115.      associated flags where applicable.  Usually exactly one argument is
  116.      expected; 0+ means that zero or more arguments may follow; 0,1 indicates
  117.      0 or 1 arguments are expected (ie. it's optional).  If a flag has an
  118.      optional argument which is omitted by the user, the following flag must
  119.      begin with a hyphen ('-'); otherwise, the hyphen is optional.  Default
  120.      values are designated in the argument specification by an equal sign ('=').
  121.      If any operation (ie. a flag that results in an output file) is specified,
  122.      then none of the default operations are performed unless specifically
  123.      requested.  If a flag causes an output file to be written, the default
  124.      filename for that file is indicated in square brackets.  Generally,
  125.      filnames are generated by appending a suffix to the input filename and are
  126.      written to the same directory as the input file; the user may specify an
  127.      alternate prefix or destination directory with the -o flag.  The hash
  128.      symbol ('#') is a placeholder for the base letter when the output file
  129.      writes base-specific information; # may be used on the command line.  If
  130.      filename ends with '.s1' the suffix is removed.  Peaks will be picked
  131.      only if necessary for the requested operations.
  132.      WARNING: If file with an output filename already exists, it will be
  133.               overwritten.